1952 yılında Kastamonu'nun Tosya ilçesinde doğan Bardakoğlu, 1970 yılında İstanbul İmam-Hatip Okulunu bitirdi. 1974 yılında İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nden, 1975 yılında da İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nden mezun oldu. Bir süre öğretmenlik ve stajyer hakimlik yaptıktan sonra, 1977 yılında Kayseri Yüksek İslam Enstitüsünde Fıkıh (İslam Hukuku) asistanı oldu.

1982 yılında Atatürk Üniversitesi İslami İlimler Fakültesinde "İslam Hukukunda İcâre Akdi" adlı doktora tezini tamamladı ve Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde İslam Hukuku yardımcı doçentliğine atandı. 1986 yılında doçent oldu. Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde Bölüm Başkanlığı ve Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulundu.

1993 yılında Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ne atandı. Ardından 1994 yılında, İslam Hukuku Ana Bilim Dalında profesör oldu. Marmara İlahiyat Meslek Yüksek Okulu Müdür Yardımcılığı ve Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulundu. 1991-1992 yılları arasında İngiltere'de ve 1994 yılında da Amerika Birleşik Devletleri'nde bulundu.

İslam Hukuku alanında; "İlahiyatçıların Din Söylemi", "Kur'an ve Hukuk", "İslâm Kültüründe Din ve Vicdan Özgürlüğü", "İslâm ve Demokrasi Üzerine", "Teorik Açıdan İslâm ve Demokrasi; Yasama", "Türk Aile Hukukunun Tarihsel Gelişimi", "Hukuki ve Sosyal Açıdan Boşanma", "İslâm Aile Hukukunun Oluşumuna Toplumsal Şartların Etkisi", "İslâm Hukuku Araştırmalarında Gelenekçilik", "Hanefi Mezhebi" gibi başlıklar altında 60'ın üzerinde bilimsel yayın yaptı.

Çeşitli ulusal ve uluslararası sempozyumlara tebliğle veya müzakereci olarak katıldı. 28 Mayıs 2003 tarihinde Diyanet İşleri Başkanlığı görevine atanan Prof.Dr. Ali Bardakoğlu; İngilizce ve Arapça bilmekte olup, evli ve üç çocuk babasıdır.