1860'da Ankara'da doğdu. İbtida" ve Rüşdiye mekteplerini aynı şehirde bitirdi. Yüksek dini eğitim-öğretim için İstanbul'a giderek Beyazid Camii'nde Atıf Efendiden "Ulum-u aliye ve aliyye" (alet ilimleri ve dini yüksek ilimleri) tahsil ederek icazetname aldı.
10 Ekim 1898'de Ankara istinaf mahkemesi azalığına getirildi. 25 Kasım 1908 tarihinde Ankara müftülüğüne atandı.
23 Nisan 1920'de toplanan Mill" Meclis'e Menteşe (Muğla) Mebusu olarak girdi. Mebuslukla müftülük tek şahısta birleştirilemeyeceği kuralı gereğince, mebusluktan ayrılarak müftülük görevine devam etti. 4 Nisan 1924 tarihinde yeni kurulan Diyanet İşleri Reisliği'ne getirildi. Vefat tarihi olan 5 Mart 1941 yılına kadar (17 yıl) bu görevde kaldı.
O tarihte dini kurumların laikleştirilmesi bakımından yeni bir sayfa açılmış, yeni bir döneme girilmişti. Her ne kadar laikleşme süreci Tanzimat'la birlikte başlamış ise de, halk bu yönde bir fikr" olgunluğa sahip değildi. Bu bakımdan Diyanet İşleri Reisliği'ne getirilecek şahıs çok önemliydi. Bu şahıs din" bilgisine saygı duyulacak, halk tarafından sevilecek ve en önemlisi de yeni gelişmelere ayak uydurabilecek birisi olmalıydı. Bu yeni doğmuş kurumu laik sistem içerisine oturtacak, geçiş dönemini fazla hırpalanmadan atlatabilecek bilgi ve yeteneğe sahip olmalıydı. Börekçizade Mehmet Rifat Efendi bütün bu hasletleri üzerinde toplayan, Milli Mücadele'de ön saflarda bulunmuş bir kişiydi. Diyanet İşleri Reisliği'ne getirildi ve tam 17 sene bu görevde büyük hizmetler verdi.
Diyanet İşleri Reisliği 1965 yılında yürürlüğe konulan 633 sayılı kanunla da, bugünkü Diyanet İşleri Başkanlığı statüsü ile İslam Dini'nin itikat, ibadet ve ahlak esasları ile ilgili işleri yürütmek; din konusunda toplumu aydınlatmak ve ibadet yerlerini yönetmek göreviyle vazifelendirilmiştir.